Brak wystarczającej ilości kwasu foliowego powoduje zaburzenia nastroju, zmęczenie, pogorszenie koncentracji czy pamięci. Skutkiem niedoboru witaminy B9 u osób starszych może być otępienie umysłowe.

Kwas foliowy chroni ściany naczyń krwionośnych. Gdy dochodzi do niedoboru bądź całkowitego braku dostarczania witaminy B9, może to doprowadzić do uszkodzeń śródbłonka naczyń i powodować zakrzepicę czy nasilić rozwój miażdżycy i stanów zapalnych.

Niedobór kwasu foliowego w organizmie może skutkować zaburzeniami układu pokarmowego, takimi jak zaparcia, biegunki, pieczeniem języka, nudnościami, utratą smaku.

Badania wykazały, że niedobór kwasu foliowego może skutkować nieprawidłowym rozwojem kręgosłupa płodu. Co więcej, gdy ciężarnej brakuje wiatminy B9, możliwość urodzenia dziecka z wadą cewy nerwowej znacząco wzrasta.