W zespole jelita drażliwego dochodzi do zaburzenia perystaltyki jelit - przy zbyt szybkiej perystaltyce pojawia się biegunka, przy zwolnionej natomiast dochodzi do zaparć. Stolec może być więc półpłynny lub wręcz wodnisty, a do wypróżnień dochodzi na skutek stresu lub niedługo po posiłku. Przy zaparciach z kolei stolec jest zbity, wypróżnieniu towarzyszy wysiłek i często również ból. U niektórych osób występują tylko biegunki, u innych tylko zaparcia, jeszcze u innych chorych zaparcia i biegunka mogą pojawiać się na przemian (to postać mieszana IBS). Często też chory ma uczucie niepełnego wypróżnienia.