Zaparcia mogą mieć wiele przyczyn. Zdarza się, że są wynikiem niektórych chorób, np. stanów zapalnych w obrębie jelit, ich wrodzoną nieprawidłową budową, stwardnieniem rozsianym, niedoczynnością tarczycy, depresją lub cukrzycą. Jednak zazwyczaj problem zaparć jest spowodowany niewłaściwymi nawykami żywieniowymi i złym stylem życia.
Rytm wypróżnień jest niezwykle ważny, a odwlekanie oddawania stolca na później może przyczynić się do zaparć nawykowych. Często ograniczamy częstotliwość wypróżnień z powodu braku czasu, zwłaszcza rano. Jednak w godzinach przedpołudniowych jelito grube jest najbardziej aktywne, dlatego, aby uniknąć zaparć, nie należy bagatelizować parcia na stolec.